Voor de beste ervaring schakelt u JavaScript in en gebruikt u een moderne browser!
Je gebruikt een niet-ondersteunde browser. Deze site kan er anders uitzien dan je verwacht.

Genomic sequencing, schaars in lage-inkomenslanden, identificeert en traceert varianten van het virus dat COVID-19 veroorzaakt. Door de varianten op te sporen kunnen lokale overheden en ziekenhuizen beter geïnformeerde beslissingen nemen om het aantal infecties en sterfgevallen te verminderen. Het Philippine Genome Center Mindanao (PGC Mindanao) is een samenwerking aangegaan met Accessible Genomics, een groep vrijwillige wetenschappers van over de hele wereld om een genomic sequencing platform met lage opstartkosten te implementeren voor laboratoria in ontwikkelingslanden. Ineke Knot van het Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics (IBED) in Amsterdam heeft bijgedragen met haar kennis van draagbare genomics-apparatuur.

Photo: Michael Bacus

Volgens Knot, promovenda aan de Universiteit van Amsterdam en een van de deskundigen in het team, ‘kunnen genomics gegevens worden gebruikt om varianten van het virus te identificeren en op te sporen, wat wetenschappers en overheidsfunctionarissen helpt betere beslissingen te nemen over quarantainemaatregelen en de toediening van vaccins.’ Niet alle landen hebben echter toegang tot de apparatuur, chemicaliën en knowhow om voldoende genomische sequencing uit te voeren om SARS-CoV-2-varianten voldoende op te sporen.

In mei 2020 heeft een groep studenten en wetenschappers van over de hele wereld AccessibleGenomics.org opgericht als reactie op de pandemie. De meesten van hen kwamen uit het veld van de draagbare genomics. Het team heeft vervolgens een proef gedaan met sequencing van SARS-CoV-2 in een representatief laboratorium op de Filipijnen, dat beschikt over aanvullende vaardigheden, faciliteiten en ervaring op het gebied van sequencing van de volgende generatie, met gebruikmaking van recente vorderingen op het gebied van draagbare genomics technologie. Dit partnerschap is bedoeld als proefproject voor het plaatselijke centrum, dat zich voorbereidt op de uitbreiding van zijn omics-faciliteiten en -diensten in de regio.

‘Zoals in veel ontwikkelingslanden stonden alle sequencing machines in de Filippijnen in laboratoria in de hoofdstad Metro Manila. Dat komt omdat sequencing machines vroeger meer kostten dan een auto en zo groot waren als koelkasten', zegt Ineke Knot. ‘Mobiel genomic sequencing is de afgelopen jaren mogelijk gemaakt door innovaties als de MinION sequencer van Oxford Nanopore Technologies. Deze sequencingmachine kost minder dan een iPhone en is ook net zo klein.'

Momenteel zijn er plannen om het genomics onderzoek in de belangrijkste regio's van het land versneld uit te breiden via het ministerie van Volksgezondheid en het ministerie van Wetenschap en Technologie, en via andere inspanningen van zowel de overheid als de particuliere sector in het land.

Portable genomics device. Photo: Michael Bacus.

Het team had het moeilijk om fondsen te werven uit traditionele bronnen omdat ze geen instituut vertegenwoordigen, maar ze slaagden erin om een microsubsidie te krijgen van Just One Giant Lab, een open wetenschapsplatform. Ook ontvingen ze van New England Biolabs, Inc. een donatie van de benodigde chemicaliën voor sequencing. Wetenschappers van over de hele wereld staken ook vrijwillig hun tijd en expertise in het opleiden van het Filippijnse team dat de sequencing uitvoerde.

Opschaling

De volgende stap van het project is om het initiatief in andere landen te repliceren en labs in andere ontwikkelingslanden op weg te helpen met variantidentificatie. De nieuwe financiering van JOGL.io en de donaties van de crowdfunding campagne zullen worden gebruikt om meer sequencers en de bijbehorende chemicaliën aan te schaffen voor deze labs.

Knot: 'We hebben AccessibleGenomics.org opgericht vanuit de overtuiging dat alle bevolkingsgroepen toegang moeten hebben tot SARS-CoV-2-variantidentificatie. Om AccessibleGenomics.org te helpen door middel van een donatie, ga dan naar accessiblegenomics.org en klik op de "Crowdfunder" link.